Ziel des Alarmplan Main Ökologie (AMÖ) ist es, ökologisch kritische Zustände im Main frühzeitig und repräsentativ zu erkennen, Gewässernutzer und Öffentlichkeit zu sensibilisieren sowie bei Bedarf Maßnahmen zu ergreifen. Der AMÖ definiert kritische gewässerökologische Situationen am Main in drei Warnstufen. Auf Basis festgelegter Schwellenwerte für Wassertemperatur, Sauerstoff und Abfluss sowie einer Experteneinschätzung erfolgt eine Bewertung der ökologischen Situation für zwei abgegrenzte, homogene Abschnitte des Mains, den Meldebereichen. Federführend zuständig für den AMÖ ist die Regierung von Unterfranken.